我的第一反应是在相关输出的.tpl.php文件中调整顺序

首先截图中的后台界面是Commerce体系的一个模块，Commerce Backoffice

其次我看了VBO的代码默认肯定是只有一个VBO的表单，但通过hook可以改变出现的位置，以下是Backoffice模块的做法：

function commerce_backoffice_views_bulk_operations_form_alter(&$form, &$form_state, $vbo) {
  if ($form_state['step'] == 'views_form_views_form' && strpos($vbo->view->name, 'commerce_backoffice_') !== FALSE) {
    $form['select']['#title'] = '';
    $form['select']['#collapsible'] = FALSE;
    $form['select']['submit']['#value'] = t('Apply');
    $form['select']['operation']['#options'][0] = t('Bulk operations');
    $form['select']['#weight'] = 99999;
  }
}

志成说的那个方法比较靠谱。

所以，总结一下，要么就是幽灵说的，修改tpl文件，要么就是志成说的，form_alter。

仔细看了一下，还是form_alter的方法比较好，如果修改tpl的话会牵扯到drupal的form的模版问题，其实也挺麻烦的。